В 2012 году Японию захлестнула волна страха и хаоса — загадочные существа, известные как Мю, вторглись в мир людей из другого измерения. Они были человекоподобными, но их кровь была голубой и они не жалели жизней людей. Так началась борьба за выживание человечества. Три года спустя, в 2015 году, Токио подвергается нападению Мю, но благодаря новому оружию - долемам - люди удаются отстоять свой город. В это время Аято Камина знакомится со своей одноклассницей Рэйкой Мисиму. Но они не успевают насладиться встречей, так как правительственные силы атакуют Аято. Но тут появляется загадочная женщина Харука Сито и сообщает ему о существовании организации "TERRA", которая отправляет его в Токио временного разрыва - месте, где время бежит только третью частью скорости всего мира. Аято пытается скрыться от Харуки и идет за Рэйкой в неизученные пространства Зала Ра. Там они сталкиваются с огромным яйцом, из которого вылупляется долем под названием Ра-Зефон (англ. RahXephon). Но невероятное - на вершине яйца появляется мать Аято, которая останавливает вторжение организации "TERRA". В битве с матерью Аято получает ранение и уходит со своими новыми союзниками - Харукой и Рэйкой. Но на этом приключения только начинаются. Аято понимает, что его прошлое связано с загадочным долемом и он обладает необычными способностями. Он должен раскрыть тайны своего прошлого и сделать выбор между двумя мирами - где его ждут ответы на все вопросы или где есть шанс на спасение человечества от уничтожения Мю. Но независимо от решения, одно точно - Аято больше не может вернуться к своей обычной жизни как школьника.