В хаосе пылающего Алькатраса, Леон и его команда борются с безжалостными бандитами, попутно стараясь найти Клэр и вывести ее из опасной зоны. Но вместо этого они находят ее в музее, окруженную толпой людей, которые по-прежнему не подозревали о наличии заразы в своем теле. Как только разведка прибывает на место происшествия, Джилл и Крис быстро осознают правдивость утверждений жертв о посещении старой тюрьмы перед инцидентом. Но чуть ли не мгновенно им приходит сообщение от Леона с просьбой помочь спасти Клэр. Несмотря на то что готовность агента BSAA рассказать всю правду об инциденте, правительству для начала будет достаточно знать кто человек который может быть связан саемником. Достайте свое рабочие скафандры! Что началось как обычное задание по поискам пропавшего инженера-робототехника, быстро обернулось странными случаями заражения Т-вирусом по всему городу. Но когда Клэр, Крис и Джилл отправились на экскурсию в тюрьму-музей Алькатрас, они никак не могли представить, что станут свидетелями эпицентра вспышки заразы среди туристов. Теперь они должны выжить и раскрыть загадку этого странного инцидента, прежде чем он окончательно погубит Сан-Франциско. Но не все так просто - каждому из персонажей придется столкнуться со своим собственным кошмаром. Леон борется с невероятной пыткой от оставшихся на живых заключенных, Клэр пытается разоблачить правду об убийстве ее родителей, а Джилл и Крис вынуждены действовать в заброшенном месте без какой-либо подготовки. Теперь им предстоит объединить свои усилия и бороться против загадочной силы, которая хочет использовать Алькатрас для достижения своих таинственных целей. Ставки повышаются, когда они понимают, что даже одна ошибка может стоить им жизни и привести к гибели всего города. А в то время как они спешат на помощь друг другу, темная правда начинает выходить на поверхность, и чудовищное прошлое музея угрожает разрушить все, что они стремились защитить.